Giải bóng đá bãi biển vô địch quốc gia 2016 chỉ có sự tham gia của 4 đội gồm: Ngũ Hành Sơn (Đà Nẵng), Sanest Tourist Khánh Hòa, Thuận An (Thừa Thiên Huế) và đội chủ nhà Đà Nẵng. Do có quá ít số đội tham dự nên các đội sẽ thi đấu theo thể thức vòng tròn hai lượt tính điểm.
Tất cả các trận đấu của giải nếu sau thời gian thi đấu chính thức (3 hiệp x 12 phút/hiệp = 36 phút) có tỷ số hòa sẽ thi đấu thêm 01 hiệp phụ (thời gian 3 phút), nếu vẫn có tỷ số hòa sẽ thi đá luân lưu 9m để xác định đội thắng. Đội thắng trong 3 hiệp chính thức: 3 điểm; Đội thắng trong 2 hiệp phụ: 2 điểm; Đội thắng luân lưu: 1 điểm; Đội thua: 0 điểm.
Trận thi đấu giữa đội Trường An (Thừa Thiên Huế) và Đà Nẵng (Ảnh: VFF)
Nếu có từ hai Đội trở lên bằng điểm nhau, thứ hạng các Đội sẽ được xác định như sau: trước hết sẽ tính kết quả của các trận đấu giữa các Đội đó với nhau theo thứ tự: Tổng số điểm; Hiệu số của tổng số bàn thắng trừ tổng số bàn thua; Tổng số bàn thắng. Đội nào có chỉ số cao hơn sẽ xếp trên.
Trường hợp các chỉ số trên bằng nhau, BTC sẽ tiếp tục xét các chỉ số của tất cả các trận đấu trong giải theo thứ tự: Hiệu số của tổng số bàn thắng trừ tổng số bàn thua; Tổng số bàn thắng. Đội nào có chỉ số cao hơn sẽ xếp trên. Nếu các chỉ số vẫn bằng nhau, BTC sẽ tổ chức bốc thăm để xác định thứ hạng của các Đội.
Thông qua giải đấu lần này,VFF sẽ tuyển chọn đội tuyển bóng đá bãi biển Quốc gia để tham gia Đại hội thể thao Bãi biển Châu Á (ABG 5) sẽ diễn ra từ 24/9 - 03/10/2016. Bóng đá bãi biển là một trong những môn thể thao được ưa thích tại các Đại hội thể thao bãi biển.
Giải diễn ra từ 23 - 30/6/2016.