Bảo tàng Mỹ thuật Huế là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Sở Văn hóa và Thể thao, có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng để hoạt động; chịu sự quản lý, chỉ đạo trực tiếp của Sở Văn hóa và Thể thao; có nhiệm vụ lưu giữ, trưng bày các tác phẩm nghệ thuật, thực hiện công tác nghiên cứu, bảo tồn và phát huy, trao đổi, hợp tác và đối ngoại thông qua các hoạt động chuyên môn nghiệp vụ về bảo tàng và mỹ thuật.

Bảo tàng Mỹ thuật Huế có 03 không gian gồm: Không gian trưng bày tác phẩm mỹ thuật; Không gian trưng bày nghệ thuật Lê Bá Đảng và Không gian trưng bày nghệ thuật Điềm Phùng Thị. Trụ sở Bảo tàng đặt tại thành phố Huế, tỉnh Thừa Thiên Huế.

Về cơ cấu tổ chức, Bảo tàng Mỹ thuật Huế có Giám đốc và không quá 02 Phó Giám đốc. Các phòng chuyên môn, nghiệp vụ gồm: Phòng Tổ chức - Hành chính; Phòng Trưng bày - Hướng dẫn; Phòng Nghiên cứu - Bảo quản.