Giải có 33 đội đăng ký tham dự vòng loại, được chia thành 6 bảng:
- Bảng A gồm 6 đội: Viettel, TTBĐ Hải Phòng, Hà Nội, Hà Nội T&T, Nam Định và Trường NKNV Thanh Hóa
- Bảng B gồm 6 đội: SLNA, Đào Hà Vĩnh Phúc, Hòa Phát Hà Nội, Quảng Ninh, Thanh Hóa và XM The Vissai Ninh Bình
- Bảng C gồm 5 đội: Thừa Thiên Huế, Bình Định, Lâm Đồng, Quảng Nam và Quảng Ngãi
- Bảng D gồm 5 đội: HAGL, Bà Rịa Vũng Tàu, Bình Dương, ĐắkLắk và Khánh Hòa
- Bảng E gồm 6 đội: TPHCM, Bến Tre, Cần Thơ, Long An, Sài Gòn Xuân Thành và Tây Ninh
- Bảng F gồm 5 đội: TĐCS Đồng Tháp, Cà Mau, Kiên Giang, Tiền Giang và Vĩnh Long.
Các đội bóng thi đấu theo thể thức vòng tròn một lượt tính điểm. Các đội xếp thứ nhất mỗi bảng vào thi đấu tại Vòng chung kết cùng 2 đội được đặc cách vào thẳng là ĐKVĐ SHB Đà Nẵng và Khatoco Khánh Hòa - địa phương đăng cai tổ chức vòng chung kết.
Vòng chung kết sẽ diễn ra từ ngày 21/7 đến 30/7 tại sân vận động Nha Trang tỉnh Khánh Hòa. Đội đoạt ngôi cao nhất sẽ được nhận cờ, Cup, và số tiền thưởng trị giá 100.000.000đ. Á quân được 60.000.000đ, đồng giải ba sẽ được 40.000.000đ.
Giải Bóng đá U17 quốc gia năm 2011 là giải đấu nằm trong hệ thống thi đấu quốc gia và được tổ chức hàng năm nhằm phát hiện và bồi dưỡng các tài năng bóng đá trẻ, bổ sung vào đội tuyển trẻ quốc gia. Đồng thời cũng là dịp để đánh giá trình độ chuyên môn, năng lực của đội ngũ HLV, trọng tài, cán bộ quản lý và lực lượng nhân viên phục vụ công tác tổ chức thi đấu.