Để phát triển du lịch sinh thái vùng đầm phá Tam Giang - Cầu Hai, Thừa Thiên Huế cần thực hiện tốt việc quy hoạch và lấy quy hoạch bảo tồn thiên nhiên tại các điểm dự định phát triển du lịch sinh thái làm mối quan tâm hàng đầu. Các khu bảo tồn thiên nhiên nên có quy hoạch, chỉ rõ phân vùng cho du lịch sinh thái, bảo tàng về các loài chim sẽ là nơi trưng bày, giới thiệu thông tin về tất cả các loài chim hiện đang cư trú tại các sân chim trong khu vực đầm phá và các loài chim di cư theo mùa. Đặc biệt, có một số loài chim quý đã được ghi tên vào sách đỏ Việt Nam hoặc trong danh sách bảo vệ nghiêm ngặt của cộng đồng châu Âu như: Choắt chân màng lớn, nhạn bụng trắng, chìa vôi, chích đầu nhọn mày đen, sẻ đồng ngực vàng... Khu trại giống và trại nuôi thuỷ sản là nơi dự trữ các nguồn giống tốt hỗ trợ phát triển kinh tế thuỷ sản của cộng đồng dân cư; đồng thời, là nơi tổ chức tham quan thực tế cho du khách tìm hiểu về các loài cá, tôm, cua trên đầm phá. Sân chim nước (ở các cửa sông Ô Lâu, Đầm Sam) cho du khách tận mắt nhìn thấy trên các bãi cỏ hoang là những đàn ngỗng trời, vịt trời, sâm cầm, vạc, cò... 

Đối với thảm thực vật ngập mặn ven biển, điển hình Rú Chá vốn là rừng ngập mặn nguyên sinh diện tích còn lại khoảng 5 ha rất quý, nay đã được phục hồi và bảo vệ rất tốt nhờ vào ý thức cao của người dân. Hiện nay, đây là nơi cư trú thường xuyên của một số loài chim bản địa như diệc, vạc, cò, chim cu... thực vật chủ yếu là cây chá và một số loài cây ngập nước bản địa khác. Đối với các hoạt động và loại hình du lịch được tổ chức, nếu có thể kết hợp nhiều loại hình như: Ngắm bình minh và hoàng hôn trên đầm phá; khám phá tìm hiểu các loài thuỷ hải sản, các loài chim trên đầm phá; chuyên đề tìm hiểu về các loài động thực vật phục vụ cho mục đích nghiên cứu, học tập; tìm hiểu đời sống của dân cư và hoạt động làng nghề; tắm nắng, nghỉ biển và thể thao trên mặt nước; du lịch xe đạp địa hình trên cồn cát; tham quan các di tích lịch sử... Ngoài ra, để hoàn thiện và đáp ứng cho một điểm đến của du lịch sinh thái vùng đầm phá Tam Giang - Cầu Hai, cần thiết phải đầu tư phát triển cơ sở hạ tầng du lịch sinh thái, các cơ sở lưu trú và dịch vụ du lịch sinh thái; phát triển du lịch sinh thái cộng đồng... 

Khơi dậy tiềm năng du lịch biển và đầm phá ở Thừa Thiên Huế đang là bước đi đúng hướng, góp phần thu hút du khách, làm đa dạng thêm dịch vụ du lịch, vốn lâu nay chỉ bó hẹp trong khung cảnh lăng tẩm, đền đài và hệ thống di tích cố đô Huế. Trước mắt, theo Giám đốc Sở Văn hóa và Thể thao Phan Tiến Dũng, bên cạnh khuyến mãi kích cầu, các khu resort ven biển, đầm phá nên tổ chức những hoạt động ấn tượng để quảng bá, đồng thời phát triển các dịch vụ khác ngoài bám vào biển. Thay vì tắm biển, khách đi tham quan, ngắm biển, đầm phá rồi về lưu trú ở resort như ở khách sạn. Các resort có thể xây dựng mức giá vừa phải và đồng bộ để phục vụ những đoàn khách tập thể; đồng thời, đa dạng hóa, đầu tư mạnh các dịch vụ, như các hạng mục trò chơi, có chính sách kích cầu hướng vào khách du lịch kết hợp hội nghị, hội thảo. Huyện Phú Lộc đã quy hoạch, đầu tư thêm một số điểm du lịch, như: suối Mơ, suối Voi, hồ Truồi, đầm Cầu Hai. Một số doanh nghiệp khác đầu tư xây dựng tour xe đạp theo lộ trình đón khách ở Huế, ngủ tại Lăng Cô, tham quan, tắm sông suối. Đây đều là các giải pháp trước mắt cho du lịch biển trong mùa hè này và cũng là cách để du lịch Thừa Thiên Huế bù đắp những thiếu hụt lượng khách do sự cố môi trường biển, nhằm vượt qua giai đoạn khó khăn nhưng cũng là cơ hội để ngành du lịch vươn tới hoàn thiện các sản phẩm tour, tuyến, tăng cường đầu tư cho du lịch biển trong tương lai...