Từ ngày thành lập đến nay, Bảo tàng Lịch sử Thừa Thiên Huế đặt trụ sở tại di tích Quốc Tử Giám, một công trình thuộc quần thể di tích Cố đô Huế được công nhận là di tích cấp quốc gia đặc biệt. Năm 1998, UBND tỉnh đã phê duyệt chủ trương để di chuyển Bảo tàng Lịch sử đến vị trí mới phù hợp để tổ chức các hoạt động tu bổ, trưng bày, bảo quản hiện vật đang lưu giữ. Tháng 9/2016, UBND tỉnh đã có văn bản gửi Bộ Quốc phòng để đề nghị bàn giao cho tỉnh một phần khu đất tại số 268 Điện Biên Phủ, phường Trường An, thành phố Huế để xây dựng Bảo tàng Lịch sử Thừa Thiên Huế. Tháng 3/2017, Thủ tướng Chính phủ có văn bản gửi Bộ Quốc phòng và UBND tỉnh Thừa Thiên Huế đồng ý điều chuyển tài sản khu nhà, đất này sang cho UBND tỉnh quản lý và sử dụng. Ngày 17/10/2018, UBND tỉnh đã có Quyết định số 2312/QĐ-UBND về việc phê duyệt chủ trương đầu tư di dời nâng cấp Bảo tàng lịch sử tỉnh đến tại số 268 Điện Biên Phủ, nhằm hình thành thiết chế văn hóa phù hợp gắn kết với các địa điểm di tích đàn Nam Giao, nghĩa trang Phan Bội Châu… Qua đây nhằm phát huy giá trị của các bảo vật, hiện vật đang lưu trữ tại Bảo tàng, đồng thời tạo thuận lợi cho nhu cầu tìm hiểu về di tích, di sản văn hóa của người dân, tạo thêm sản phẩm du lịch đáp ứng nhu cầu của du khách.

Trên cơ sở các nội dung đã được phê duyệt, tại buổi họp bàn các thành viên là đại diện các sở, ban, ngành liên quan đã thống nhất các thủ tục bàn giao và tiếp nhận khu đất số 268 Điện Biên Phủ để tham mưu UBND Tỉnh ra quyết định tiếp nhận. Tại buổi họp, đồng chí Phan Thanh Hải, Giám đốc Sở Văn hóa và Thể thao đã đề nghị Bộ Chỉ huy Bộ đội Biên phòng tỉnh tạo mọi điều kiện thuận lợi để Bảo tàng Lịch sử Thừa Thiên Huế khẩn trương di chuyển các hiện vật của Bảo tàng, trước mắt là các hiện vật thể khối lớn lên tại vị trí 268 Điện Biên Phủ.